Toutes les maladies endocriniennes telles que hypothyroïdie, insuffisance surrénale... peuvent se révéler ou se compliquer d'un état dépressif. Ainsi, est-il assez fréquent de doser les hormones thyroïdiennes pour éliminer une dépression secondaire au trouble thyroïdien.

Les maladies neurologiques sont également susceptibles de s'annoncer par un état dépressif : tumeur cérébrale, maladie dégénérative (sclérose en plaques, maladie de Parkinson, maladie d'Alzheimer), maladie vasculaire.

Des maladies de l'immunité telles que les maladies de système (lupus erythémateux disséminé, polyarthrite rhumatoïde …) sont souvent compliquées par une dépression. Il en est de même des maladies virales (HIV, hépatites virales …).
Les maladies chroniques, en particulier la douleur chronique, sont dépressogènes.