La sélection d'une molécule particulière pour un patient donné dépend d'une grande variété de facteurs :
    notion d'une réponse positive ou négative à une molécule dans les antécédents;
    nature des effets secondaires d'une molécule. Une pathologie somatique peut diminuer ou augmenter la toxicité de certains antidépresseurs. L'effet sédatif ou au contraire psycho-stimulant de l'antidépresseur peut être recherché et guider le choix;
    coût journalier du traitement;
    expérience du praticien avec une molécule donnée.