Les effets indésirables des ECT consistent essentiellement en des troubles cognitifs à type de confusion transitoire. De durée brève, ce trouble s'atténue généralement après 10 à 20 minutes et disparaît en 2 heures. L'effet secondaire le plus gênant est représenté par des troubles de la mémoire, parfois minimes, qui peuvent persister jusqu'à plusieurs mois à distance des cures d'ECT. D'autres effets indésirables (céphalées, nausées, douleurs musculaires) s'amendent rapidement après les séances. La mortalité est estimée à 1 cas sur 100 000, taux comparable au risque inhérent à l'anesthésie générale pour des interventions mineures.